A entrada no Museu faz-se pela frente urbana do Palácio de Belém que foi modificada para o efeito, tendo-se procedido à adaptação de um antigo edifício.
O Museu combina uma exposição tradicional de peças de colecção com sistemas interactivos de informação e conhecimento. O percurso expositivo inicia-se com os Símbolos Nacionais e termina numa abordagem dos poderes, funções e actividade dos Presidentes.
Para a reconstituição dos percursos biográficos e políticos dos Presidentes, uma equipa especializada recenseou, descreveu e reuniu um vasto acervo documental constituído pelos arquivos pessoais, familiares e políticos dos Chefes de Estado.
Para além da exposição permanente, o Museu investe em múltiplas actividades de extensão cultural, entre as quais se destacam a realização de exposições temporárias e itinerantes, o museu virtual e uma ambiciosa política editorial.
Procurando atender às necessidades do seu público, entre o qual se incluem crianças e jovens em idades escolar, foram criados o Serviços de Educação e o Serviço de Formação, ambos com actividades descentralizadas.